Строительство железной дороги в Томской области началось еще в 80-е годы 19 века, но открытие данного участка состоялось только в 1912 году. Она была образована от Сибирской железной дороги. Когда произошла Октябрьская революция, к Томской области были присоединены следующие дороги: Ачинско-Минусинская, Кольчугинская и Алтайская. На тот момент Томская железная дорога стала одной из крупнейших дорог по протяженности и грузопотоку в СССР. Но в 1934 году управление дороги было переведено из Томска в Новосибирск. В это же время из состава дороги вывели Восточно-Сибирскую железную дорогу, а чуть позже и Красноярскую. Сегодня железная дорога на территории Томской области является частью Западно-Сибирской магистрали. Ее протяженность равна 346 километрам. Основная магистраль – это Белый Яр – Томск – Тайга.